Sua chave composta/derivada de seed + passphrase é totalmente diferente da sua chave derivada apenas pela seed. Não existe nenhum conflito ou relação entre elas do ponto de vista da rede. Não dá pra saber que elas são relacionadas porque elas geram carteiras totalmente diferentes apesar de terem a mesma seed. O checksum é um tipo de impressão digital dessa chave - e não revela nada sobre como a chave foi gerada. Se alguém ver sua seed e checksum da sua seed, não tem como saber que você tem uma carteira que usa seed + passphrase. O checksum da carteira com passphrase também não entrega nenhuma dica de que aquela carteira/chave tem uma passphrase.